Invånare i södra Sudan har möjlighet att bedriva högre utbildning i antingen ett universitet eller en yrkesskola. Även om det finns en brist på båda institutionerna, flera program är på plats för att utöka det nuvarande landskapet för högre utbildning i södra Sudan.

En masterexamen i företagsadministration (MBA) är en examen man kan ta när man studerar företagsverksamhet och relaterade ämnen vid en handelshögskola. Man går då igenom olika former av analys och strategi inom företagsdrift, marknadsföring, ekonomi och redovisning.